Nach der Vollendung der Ausgrabung und der Dokumentation des Lehmziegeltempels aus der 11. Dynastie 1995/96, begann eine zweite Saison im Winter 1996/97, mit dem Ziel die darunterliegenden Steinfundamente zu untersuchen. Unter den gut erhaltenen, verputzten Böden des ersten Tempels wurde ein bis dato unbekannter Steintempel freigelegt. Seine Mauern waren bis auf die Fundamente abgerissen worden, nichtsdestotrotz war der Grundriß deutlich erkennbar. Sein Entwurf und seine Ausmaße waren ähnlich jenen des späteren Tempels, mit einem Pylon als Eingang und umgebenden Mauern, aber das freistehende innere Sanktuarium hatte nur eine Zelle, anstatt drei.

 
Eingang zu den beiden Tempeln.
Der Lehmziegeltempel des Mittleren Reiches wurde auf den Überresten des archaischen Pylons erbaut.

Die Achse dieses Tempels weicht einige Grad von der des Tempels aus dem Mittleren Reich ab, da aber beide Tempelachsen nach den Sternen ausgerichtet worden waren, läßt sich diese Abweichung durch die Verschiebung der Sternpositionen im Lauf der Jahrhunderte erklären. Aufgrund der Keramikfunde, der architektonischen Merkmale des Steingebäudes (das übrigens durch ein Erdbeben unbenutzbar wurde), den Felsinschriften an den benachbarten Klippen und den astronomischen Berechnungen kann man den Bau in die Zeit vor der 11. Dynastie in die archaische Periode datieren.

 
Gyözö Vörös und Rezsö Pudleiner

Die ungarische Mission auf dem Thot-Berg ist die archäologische Kampagne der Eötvös Universität in Budapest, unter der Leitung von Gyözö Vörös, Repräsentant der ungarischen Ägyptologie an der ungarischen Botschaft in Kairo. Der Mission gehören an: Rezsö Pudleiner, Archäologe und Keramikexperte; Ikó Sulyok, archäologischer Assistent; Imre Keresztes, archäologischer Assistent; Gyula Tóth, Restaurator; Katalin Karmanóczki, Restaurationsassistent; Károly Kozma, Photograph; Károly Babos, Dendrologe; László Bartosiewicz, Zooarchäologe; István Danka, Modellbauer und Zeichner, letzterer baute ein Modell des Tempels im Maßstab 1:25.