Der aus Sandstein erbaute Totentempel von Mentuhotep II, auch bekannt als Ach sut Nebhepetre, nimmt die südliche Hälfte der von den Steilhängen Deir el-Baharis geformten Bucht ein. Diese Stätte, verbunden mit der Göttin Hathor, lag in einiger Entfernung der saff-Gräber von Mentuhoteps Vorgängern, bei el-Tarif. Die Bauweise des Tempels ahmte die Fassaden der Gräber mit den vielen Pfeilern in einem größerem Maßstab nach, die Klippen von Deir el- Bahari als Hintergrund und der Gipfel von el-Qurna darüber aufragend. Neuerungen im architektonischen Aufbau und in den Dekorationen dienten nicht nur dazu, die königliche Göttlichkeit und das sed-Fest selbst zu betonen, sondern auch das Teilhaben wichtiger örtlicher Götter, wie Amun, Hathor und der Schutzgott des Königs Mentu, am Kultritual.

Ein fast ein Kilometer langer Aufweg führte vom Fruchtland bis zur Tempelstätte am westlichen Ende eines großen, offenen Hofes, wo ein gepflegter Garten, mit Statuen des Königs den Zugang flankierten. Der Vorbau des Tempelkomplexes besteht aus einer quadratischen Plattform, überbaut mit einer Halle, die an drei Seiten von zweireihigen Kolonnaden mit quadratischen Pfeilern eingerahmt ist. Diese Halle erreicht man über eine Rampe, welche eine tieferliegende, zweireihige Säulenhalle, die Ostfassade der Plattform, mittig teilt. In der Halle selbst ist der gemauerte, Mentu-Re geweihte Kernbau an der Ost-, Nord- und Südseite je von drei Reihen achteckiger Säulen umstanden. An der Westseite der Halle befand sich eine Doppelreihe Säulen, die mit Gesichtern versehen waren, sowie sechs Schreine über den Grabschächten für königliche Frauen bzw. Töchter, die in Verbindung mit dem Hathor-Kult stehen. Westlich dieser Halle führt ein weiterer, säulenumstandener Hof zu einem Hypostyl mit einem Schrein für Amun und den König.

Von der Mitte des hinteren Hofes gelangt man über eine 150 Meter lange, abschüssige Passage zum Grab des Königs. Diese, mit Granit ausgekleidete Kammer liegt unterhalb der Klippen westlich des Heiligtums und enthält einen aus Kalzitblöcken gebauten Schrein für den Sarg. In der Mitte des Gartenhofes, nördlich der Hauptachse, bietet eine große, rechteckige Grube, Bab el-Hosan ("Tor des Pferdes") genannt, Zugang zu einer langen, abschüssigen Passage, die unter der südöstlichen Ecke des Kernbaus als Kenotaph endet, in welchem man einen leeren Sarg und eine lebensgroße Sitzstatue des Königs fand. Ein senkrechter Schacht führt von hier nach unten in einen kleinen Raum, der Bootsmodelle enthielt. Nördlich des Tempelkomplexes wurden einige Gräber für Mitglieder der königlichen Familie und Beamte des Hofes angelegt.
Das berühmteste und besterhaltene Monument von Deir el-Bahari ist der Tempel der Königin Hatschepsut, in der Antike Djeser-djeseru genannt. Der Tempelbau, mit seinen drei, durch Rampen miteinander verbundenen Terrassen, basiert auf dem Plan des früheren Tempels von Mentuhotep II, der südlich davon liegt. Der Tempel der Hatschepsut ist ein außergewöhnliches Beispiel dafür, wie sich ein von Menschenhand geschaffenes Bauwerk in eine natürliche Umgebung einpassen kann.

Der ursprüngliche Plan des Tempels entspricht nicht der tatsächlichen Ausführung des Baues. Thutmosis II, der Vorgänger Hatschepsuts, veranlaßte den Bau dieses Tempels an der Stelle, die wir heute als die obere Terrasse kennen. Sein Grundriß bestand aus einem quadratischen Bau, welcher an der Nord-, Süd- und Ostseite von Portiken eingefaßt war. Thutmosis starb jedoch vor der Fertigstellung des Tempels und Hatschepsut übernahm das Projekt und änderte den Bauplan drastisch ab. Sie ließ bereits vorhandene Wände versetzen um den neuen Plan zu verwirklichen und erweiterte den Bau nach Norden und Osten.

Ein von Sphingen gesäumter, 37 Meter breiter Aufweg, verbindet den Totentempel mit dem Taltempel, von dem nur noch Gründungsbeigaben gefunden wurden. Der Totentempel besteht aus drei, immer höher werdenden Terrassen, die durch Rampen miteinander verbunden sind. Die mittlere und die obere Terrasse sind von je drei Portiken umstanden, welche im Inneren hochwertig ausgeführte Reliefe als Wanddekoration aufweisen: der Transport von Obelisken von Assuan zum Tempel des Amun nach Karnak, die göttliche Geburt und die Krönung der Hatschepsut und eine Expedition ins Land Punt (vielleicht das heutige Somalia). An der Südseite der mittleren Kolonnade befindet sich ein Schrein der Hathor, an der Nordseite ein Schrein des Anubis. Die obere Kolonnade besteht aus einer Reihe von Osirispfeilern, flankiert von Kolossalstatuen der Königin Hatschepsut.