Eugène Lefébure wurde 1838 in Prunoy, Yonne in Frankreich geboren. Er verbrachte einen Großteil seines Lebens im französischen Postdienst, aber nachdem seine Frau 1879 verstarb, reiste er nach Kairo, um seinem wahren Interesse nachzugehen, der Ägyptologie. Er schloß sich der französischen archäologischen Mission an und wurde bald ihr Direktor. Er arbeitete im Grab von Ramses IV (KV 2) und beschrieb gewissenhaft das komplette Grab. Er beschrieb ebenfalls das Grab von Sethos I und fertigte Pläne von KV 26, 27, 28, 29, 37, 40 und 59 an, wie auch von WV 24, 25 und A. Diese Pläne, wie auch die Beschreibungen seiner Arbeit wurde in Les Hypogées royaux de Thebes (Paris: Leroux, 1886, 1889) veröffentlicht.
 
Lefébure verließ 1889 Ägypten und kehrte niemals wieder zurück. Er verbrachte des Rest seiner Karriere als Dozent in Lyon in Frankreich, an der École des Hautes Études und an der École de Lettres in Algier. Er starb 1908 im Alter von 70 Jahren in Algier.